Standard priznaje tri osnovne boje - sable (žuto-bijela), trikolor (trobojna, crno-žuto-bijela) i blue merle. Mesjutim znamo da skotske ovcare možemo vidjeti u cetiri osnovne boje i dvije modificirane varijante. To su:
sable
trikolor
blue merle
bijela
sable merle
bijeli merle Ponekad se mogu vidjeti i druge kombinacije i varijante boja koje su posljedice mutacije, a ne kombinacije gena (npr. trikolorna glava, a sable tijelo).
Najmanje tri seta gena odredjuju kakva ce biti boja skotskog ovcara. Prvi set kontrolira kolcinu zutog pigmenta u odnosu na kolicinu crnog pigmenta u dlaci. Odatle razlicitost sable boje i njene nijanse. Drugi set je merle faktor, koji izbljedjuje ili unistava pigment i to na nepravilan nacin. Treci set kontrolira kolicinu i poziciju bijelih oznaka (bijeli faktor).
Boja dlake ovisna je o pigmentu koji se naziva melanin. Dvije su vrte toga pigmenta: crni (eumelanin) i zuti (phaeomelanin), cija boja može varirati od smedhezute (tan) do svijetlo krem ili pjescano zute. Krem boja moze biti tako blijeda da pas izgleda potpuno bijel (npr. samojed)
Nedostatak melanina je oznaka albinizma, što se smatra genetskom greskom. Albinizam nije ogranicen na kožu i dlaku nego utjece na sve aspekte tijela. Albino psi su vrlo rijetki.
Svi ga vidjeli i čuli za njega...